黑暗时期（1995~2005）：猛袭事件令变种人的日子过得非常严峻，一次又一次的打击重重地击碎X战警的重心。但在悲伤和失望的洗礼过后，昔日的害羞少年开始成长成精炼的大人。前情回顾：【漫威百科】X战警历史（复兴时期）
猛袭（Onslaught）：
在世界转变成AOA前，罗刹女得知爱人牌皇的部份过去；为此不能释怀的?她决定暂时离开X战警，无意中遇上一名力量和外貌都跟万磁王相似的年轻人约瑟夫（Joseph）。隐约觉得对方是年轻化的万磁王，罗刹女在约瑟夫的陪同下开始全国的旅行。

X战警遇到被击败的红坦克（Juggernaut）；红坦克指出一个名为猛袭的灾难即将降临，但猛袭是一个敌人还是一件事件却没有任何线索。苦苦追查下琴终于知道猛袭的真相，原来猛袭便正是X教援本人。长年跟万磁王的角力令X教授产生了恶念，而这恶念融合他的力量成为实体猛袭。万磁王成为植物人时猛袭更拥有了跟万磁王同等的力量。
X教授的精神力量加上万磁王的磁力，X战警的力量根本不足以应付；其他超级英雄，包括复仇者联盟（Avengers）、神奇四侠、变型侠医等等都赶到中央公园一同帮忙。神奇先生留意到猛袭是由变种人的因子而生，所以变种人的力量不但不能对付他，更会令它变得更强大；要成功摧毁猛袭，就?必须要非变种人的人类去成为他的宿主才有机会。复仇者联盟、神奇四侠、变型侠医等于是跟猛袭的能量融合，再由X战警发出致命的一击。虽然成功解除危机，但在目睹事件的世人眼中，是X战警牺牲了这些英雄；这令世人对变种人的误解变得更深。
零容忍（Zero Tolerance）：

明白到自己力量恐怖的X教授自愿被囚禁在政府的基地，但却无阻变种人憎恨者棱堡（Bastion）的计划。棱堡的真正身份是经过重生之门的未来哨兵和Master Mold，成为人类的他利用新的哨兵Prime将所有变种人囚禁起来；X战警成功反抗，而X教授也明白到自己需要继续坚持他的理想。
万磁王再一次出现，更利用他的力量影响地球的磁场，威逼联合国让他建立一个变种人的国家；而约瑟夫的真正身份便是他的复制人。也因为的复制人，也只有约瑟夫才有能力解除万磁王所做成的伤害；牺牲了约瑟夫的性命后磁场回到正轨，而联合国也同意将一片混乱的Genosha岛交给万磁王统治。Genosha岛长期都存在人类跟变种人的冲突，一时间即便是万磁王也未必有足够能力应付，但因为如此地球也暂时不需要忧虑他所带来的威胁。
十二使徒（The Twelve）：

了结万磁王的事件并不代表可以闲下来，天启决定将自己的精神转移到理想的私处纳特.格雷身上；金刚狼更被洗脑成为新一代的死亡。就在私处转移的仪式上，镭射眼牺牲自己走到天启和纳特.格雷之间，他的私处便被天启所占据更消失。X战警只有一方面寻找镭射眼，一方面继续他们的任务；最后电索跟琴找到两人的融合体，但成功地把天启的精神逼走。
在猛袭中消失的英雄回归，X教授也回到X大宅，努力研究Legacy病毒的疫苗。最后缪尔岛的莫拉终于研究成功，却被卷入魔形女（Mystique）利用的阴谋中；在死前把相关的资料交给X教授。疫苗成功制成，但它需要先牺牲一位变种人才能散播；为了不再有人像他妹妹般牺牲，钢力士牺牲了自己成为散发疫苗的媒介。
全新X战警（New X-Men）：

正当X教授决定公开自己身份，大规模地开设变种人学校时，他精神上的双子卡桑德拉（Cassandra nova）出现，更占据了X教授的身体；在她的命令下大量的哨兵机器人攻击Genosha，造成上千万人口的死伤；万磁王更在混乱中失踪。为了找寻预言家命运（Destiny）的十二本预言书，暴风女神也跟一批X战警去到世界各地。

Genosha的事件动摇了很多变种人的心态，他们开始质疑万磁王一直奉行的主义是否正确。平息学校内的动乱后，X战警发现他们由中国带回来的变种人观音（Xorn）原来是万磁王。他展开针对普通人类的攻击，更把将整个纽约市变成废城；在他杀死琴后，金刚狼把他的头斩下来。万磁王对城市做成的破坏激化了人类对变种人的情绪，而琴的死更令一班X战警重新考虑自己的使命。在琴的祝福下，镭射眼跟白皇后决定继续他们教育变种人以及拯救世界的使命，更在行动中救出被当成实验品复活的钢力士。
题外话： 1995~1997年的漫威充满了灾难。1994年的棒球联赛罢工跟迪士尼票房影响了Fleer和Panini的收入，Toybiz等子公司也努力保持自已的利润，各种不明朗因素加上漫威内的权力角力令这间老牌漫画公司走上破产之路。漫威不断地开设新公司，买卖子公司和权利，经历大小法庭审讯。

这样的窘境一定程度也反映在出版的产品上。大量于上一个时期开始的期刊被停刊，不断改变故事方向希望打开新客源，虽然有真人电影版的帮助，但明显地为取悦电影观众而带来的改动却令很多老读者放弃了。在这10年最影响X战警漫画的有两个人物：格兰特.莫里森（Grant Morrison）和乔斯.韦登（Joss Whedon）。莫里森在2001把已出现疲态的《X战警》一书重新包装成《全新X战警》，凭着他笔下的世界观和触觉令《X战警》一书重回第一位；而以电视剧闻名的韦登则在04年以《惊世绝俗X战警（Astonishing X-Men）》一书带来另一个高潮，虽然脱期的情况极为严重。但无论如何，在这两位的笔下，《X战警》一书总算得到重生。[!--empirenews.page--]
这段时期出版的X战警书刊有：
描述驻扎英国（后来改为缪尔岛）变种人队伍的圣剑一书在1998年结束。同名书刊于04重新出版，属性是纽约市一役后X教授跟万磁王如何重建Genosha；
《X战警》一书在2001~2004年期更名为《全新X战警》；
死侍（Deadpool）的个人月刊正式出版（1997），在2002年换主角改名为X探员（Agent X）；
描述浩劫跟平衡世界自已交换的故事《X变种组（Mutant X）》（1998~2001）也在这时间出现，在他回归后不久X因子便正式完结；
为补完1970~1975年的空白，约翰.伯恩（John Byrne）在1999~2001年出版了《X-Men：The Hidden Years》一书；
上文提到一批追查命运日记的X战警离开了X大宅，他们的故事便在《极限X战警（X-Treme X-Men）》（2001~2004）一书中纪录；
《流放者（Exiles）》（2001~2008）一书其实并不完全是变种人为主，它讲述几个来自不同平衡世界的超能力者来回不同世界的故事，但当中主要成员或多或都跟X战警有关；
《X-Man》一书在01年停刊，而电索的个人刊物也在02年改名为《Soldier X》，但主角依然是电索；
由第115期（2001）开始，《X-特攻队》一书的主角已改变为另一队有政府背景的队伍直到第129期停止。新队伍组成《X-Statix》（2002~2004）；
以制造金刚狼的秘密计划组织为中心书刊《X武器（Weapon X）》（2002~2004）出版，但有大量故事中埋伏的故事在系列结束后还没有跟进；
新一代的《新变种人》（2003）出版；在04年改名为《New X-Men：Academy X》；
描述变种人社区的《District X》（2004~2005）；
脱离莫里森时代的形象，韦登的《惊世绝俗X战警》（2004）以优质的故事加上独特的画风重新为X战警的超级英雄队伍建立形象。

原标题：【漫威百科】X战警历史（黑暗时期）黑暗时期时间